根据修改时限分别进行处理。根据相关法律规定，已发出的招标文件在修改期限内确有必要进行澄清或修改的(如采购需求和合同条款等出现重大变化、增加投标证明材料等)，应根据修改时限分别进行处理。

在投标截止时间15日前修改招标文件的，可按《条例》第三十一条的规定，将修改内容以书面形式通知所有获取招标文件的潜在投标人;同时根据《政府采购货物和服务招标投标管理办法》(财政部第18号令，以下简称18号令)第二十七条的规定，在财政部门指定的政府采购信息发布媒体上发布更正公告，该澄清或者修改的内容为招标文件的组成部分。

投标截止时间不足15日，采购人或者采购代理机构应按《条例》规定顺延提交投标文件的截止时间;18号令第二十八条也明确提出，招标采购单位可视采购具体情况，延长投标截止时间和开标时间，但至少应在招标文件要求提交投标文件的截止时间三日前，将变更时间书面通知所有招标文件收受人，并在财政部门指定的政府采购信息发布媒体上发布变更公告。

已发出的招标文件修改期限不足3日的，则应根据不同情况区别对待。一种是必须作出的修改，如对强制技术参数、安全指标等的修改，否则会影响采购结果，带来安全隐患。这种情况下，采购人可提供详细的书面说明，报财政部门批准后在财政部指定的政府采购信息发布媒体上发布变更公告，并书面通知投标人，给投标人造成损失的(包括投标文件制作费用、投标人交通费等)应给予必要的赔偿;另一种是减少投标证明材料或对投标开标地点、开标时间及采购数量的小幅调整，应继续延用原招标文件投标截止时间进行开评标，后续可在采购合同签订时补充签订变更内容，但不得改变原招标文件内容中的实质性条款。