工程串标40万以下的处罚是：处五万元以上二十五万元以下的罚款，对直接负责人员处单位罚款数额百分之五以上百分之十以下的罚款；有违法所得的，没收违法所得；情节严重的，禁止其一至二年内代理依法必须进行招标的项目，直至吊销营业执照。中华人民共和国招标投标法第三十二条规定，投标人不得相互串通投标报价，不得排挤其他投标人的公平竞争，损害招标人或者其他投标人的合法权益。投标人不得与招标人串通投标，损害国家利益、社会公共利益或者他人的合法权益。

串标的危害：

1、串标直接伤害了其它投标人的合法权益。实质上是一种无序竞争、恶意竞争行为，它扰乱了正常的招投标秩序，妨碍了竞争机制应有功能的充分发挥，往往使中标结果在很大程度上操纵在少数几家企业手中，而使有优势、有实力中标的潜在中标人拒之门外。破坏了建设市场的正常管理和诚信环境，严重影响到招标投标的公正性和严肃性，伤害了大多数投标人的利益。

2、当无标底或复合标底招标而又不采取量低价中标时，串标常常会导致中标价超出正常范围，从而加大招标人的成本。因为参与串标的企业一般会有某种形式的利益分成，这就会使他们操纵的标价超出了合理低价范围。

3、参与串标的企业往往诚信度不高，也不大重视企业的内部管理。由于赌博心理占了上风，它们编制的投标文件着眼点仅仅放在价格上，对施工方案不认真研究，无合理应对措施，即使中标，也不大可能认真组织项目实施，对工程建设留下隐患。