工程变更的程序如下：1、需要先提交工程变更申请报告；2、填报变更原因、相关图纸和变更工程量和造价等；3、承包商按工程变更通知令执行工程变更。根据《公路工程设计变更管理办法》第十四条规定，项目法人在报审设计变更文件时，应当提交以下材料：（一）设计变更说明；（二）设计变更的勘察设计图纸及原设计相应图纸；（三）工程量、投资变化对照清单和分项概、预算文件。第十五条规定，设计变更文件的审批应当在20日内完成。无正当理由，超过审批时间未对设计变更文件的审查予以答复的，视为同意。

一、工程变更原则：

1、设计文件是安排建设项目和组织施工的主要依据，设计一经批准，不得任意变更。只有当工程变更按本办法的审批权限得到批准后，才可组织施工；

2、工程变更必须坚持高度负责的精神与严格的科学态度，在确保工程质量标准的前提下，对于降低工程造价、节约用地、加快施工进度等方面有显著效益时，应考虑工程变更；

3、工程变更，事先应周密调查，备有图文资料，其要求与现设计相同，以满足施工需要，并填写“变更设计报告单”，详细申述变更设计理由（软基处理类应附土样分析、弯沉检测或承载力试验数据）、变更方案（附上简图及现场图片）、与原设计的技术经济比较（无单价的填写估算费用），按照本办法的审批权限，报请审批，未经批准的不得按变更设计施工；

4、工程变更的图纸设计要求和深度等同原设计文件。

二、工程变成的表现形式：

1、更改工程有关部分的标高、基线、位置和尺寸；

2、增减合同中约定的工程量；

3、增减合同中约定的工程内容；

4、改变工程质量、性质或工程类型；

5、改变有关工程的施工顺序和时间安排；

6、为使工程竣工而必需实施的任何种类的附加工作。